Mediante Directiva General de la Fuerza Naval Boliviana Nro. 012/94 de fecha 10 de febrero de 1994, es creado el Centro de Idiomas de la Fuerza Naval Boliviana dependiente de la Dirección General de Enseñanza e Institutos Navales con los cursos de inglés en sus diferente niveles, de acuerdo a la Organización, Plan de Actividades y Régimen Interno correspondiente al curso, en este sentido, se desarrolló el curso de inglés dividido en Primer y Segundo semestre de la gestión 1994. Estableciendo también que el horario de actividades de los cursos se sujetaran única y exclusivamente a lo disponible, fuera de horario, sin perjuicio de que el personal interesado cumpla con sus respectivas obligaciones y previa autorización de la Dirección General de Enseñanza e Institutos Navales, iniciando de esta manera la enseñanza del idioma inglés al personal militar del Comando General de la Armada Boliviana, posteriormente se amplió la enseñanza al personal civil de la Institución, además de implementar otros programas para cubrir las necesidades más específicas del Centro.

El 30 de abril de 2008, mediante la Resolución Administrativa de la Armada Boliviana N° 41/08, se crea la Escuela de Idiomas Subsede “Trinidad”, como Instituto de capacitación y perfeccionamiento académico en idiomas, con asiento en la Ciudad de la Santísima Trinidad, Departamento del Beni, en instalaciones del Comando del Segundo Distrito Naval “Mamoré”, con funcionamiento a partir de esa gestión, con el fin de extender el servicio de enseñanza del idioma inglés y otros de necesidad Institucional en el marco de los convenios, a favor del personal militar y la sociedad civil en su conjunto, esta filial depende directamente de la Escuela de Idiomas ubicada en aquel entonces en el Comando General de la Fuerza Naval Boliviana en la Ciudad de Nuestra Señora de La Paz, en lo referente a la administración académica de los idiomas y en lo Disciplinario dependiente del Comando del Segundo Distrito Naval “Mamoré”. Actualmente se sigue utilizando esas instalaciones para el funcionamiento de esta Subsede. La Resolución de Creación fue firmada por el Sr. V. Almte. Jose Luis Cabas Villegas, Comandante General de la Armada Boliviana en la gestión 2008.

En fecha 15 de julio de 2022, mediante la Resolución Administrativa de la Armada Boliviana N° 54/22 se crea la Escuela de Idiomas de la Armada Boliviana Subsede “Cochabamba” en la ciudad de Cochabamba, Provincia Cercado del Departamento de Cochabamba en las instalaciones del Ex Comando de la Unidad Operativa de Servicios Transnaval (Bloque “A”).

En fecha 15 de julio de 2022, mediante la Resolución Administrativa de la Armada Boliviana N° 55/22 se crea la Escuela de Idiomas de la Armada Boliviana Subsede “Santa Cruz” en la Ciudad de Santa Cruz de la Sierra, Provincia Andrés Ibáñez del Departamento de Santa Cruz en las instalaciones que fueron asignadas para el funcionamiento de esta Subsede en el edificio del Ex Comando del Área Naval N°2 “Santa Cruz de la Sierra”.

El 30 de diciembre de 2009, mediante la Resolución Administrativa de la Armada Boliviana N° 127/09, se crea la Escuela de Idiomas Subsede “Guayaramerín” con asiento en la Ciudad de Guayaramerín, Departamento Beni, en instalaciones del Comando del Tercer Distrito Naval “Madera”, con funcionamiento a partir de la gestión 2010, con el fin de extender el servicio de enseñanza de los idiomas nacionales y extranjeros de necesidad Institucional, a favor del personal militar y la sociedad civil en su conjunto, esta subsede depende directamente de la Escuela de Idiomas ubicada en el interior del Complejo Educativo Naval en la Ciudad de Nuestra Señora de La Paz, en lo referente a la administración académica de los idiomas y en lo Disciplinario depende del Comando del Tercer Distrito Naval “Madera”. La resolución de creación fue firmada por el Sr. V. Almte. Armando Pacheco Gutiérrez.